Завдяки копіткій роботі реставраторів музею відновлено і повернуто до життя понад 20 тисяч унікальних пам’яток ювелірного мистецтва різних епох. Реставрація цих експонатів дала можливість не тільки поповнити експозицію новими експонатами, але і створити такі експозиції як ”Західноєвропейське срібло XVI–XIX ст.” та ”Пам’ятки єврейського церемоніального мистецтва”.
Указом Президента України Л.Д.Кучми ”Про невідкладні заходи щодо розвитку музеїв” № 489/2000 від 22.03.2000 г. встановлено, що Національний музей історії України та його філіал – Музей історичних коштовностей України – являються основними музейними закладами, які здійснюють прийом, зберігання, облік та експонування історичних і художніх пам’яток, виготовлених з використанням дорогоцінних металів та каміння.
У 2004 р. музей зазнав значних змін. Було проведено реставрацію будівлі та реконструкцію приміщень, встановлено сучасне музейне обладнання, створено нову експозицію.
Експозиція Скарбниці Національного музею історії України розташована в 9-ти залах, її побудовано за історико-хронологічним принципом, що дозволяє відтворити сторінки історії художньої обробки металу: золота, срібла, бронзи з рубежу IV–ІІІ тис. до н.е. до сьогодення, іншими словами – виникнення, становлення і розвиток ювелірного мистецтва на території сучасної України.
Гордістю музею є найбільша за обсягом унікальна колекція ”скіфського золота”, яка не має аналогів у світі. Вона презентує ювелірне мистецтво іраномовних кочових скіфів, котрі з VII ст. до н.е. до ІІІ ст. н.е. панували в степах України. Окрасою її є славетна золота пектораль IV ст. до н.е.
Великий розділ експозиції розповідає про ювелірне мистецтво епохи раннього та пізнього середньовіччя (IV–XIV ст.). Це неперевершені за майстерністю виконання і вишукані прикраси, виконані в техніці гравірування, карбування, зерні, скані, черні, перегородчастої емалі, інкрустовані коштовним і напівкоштовним камінням, які були знайдені на території України під час археологічних розкопок в похованнях вождів та воїнів кочових племен (гунів, аварів, хозарів, печенігів, половців) та у складі слов’янських та давньоруських скарбів.
Історія окремих предметів археологічної колекції Скарбниці Національного музею історії України є невід’ємною частиною історії створення і формування зібрання Міського музею старожитностей і мистецтв (1899 р.), який був офіційно відкритий 30 грудня 1904 р. під назвою ”Київський художньо-промисловий і науковий музей імені государя-імператора Миколи Другого Олександровича”.
У формуванні археологічної збірки Міського музею прийняли участь відомі колекціонери і меценати – О.М. Терещенко, І.А. Хайновський, Ф.Ф. Кундеревич, В.Є. Гезе, В.В. Хвойко, В.Б. Антонович, Є.О. Зносько-Боровський, О.О. Бобринський. Неоціненний вклад у збереження культурної спадщини України і створення музею вніс київський меценат, колекціонер Богдан Іванович Ханенко (1848-1917). Він фінансував розкопки вчених, викуповував витвори стародавнього і середньовічного мистецтва у кладошукачів і володарів землі, на якій проводили розкопки.